Игра начата с конца второго сезона. Важно отметить, что в к тому времени Бун не убит, бункер не взорван, плот не построен, а хвостовики сами пришли в лагерь выживших.
Итак, Джек, Кейт, Анна-Люсия и Рикки отправились в очередной поход, но их схватили «Другие».
А вот на диком пляже встречаются Кайл и Мишель. Кайл попал на остров из-за того, что во время полета на кукурузнике был вытолкнут из него, а Мишель оказалась на острове в последствии крушения яхты. Они решают пройтись по побережью, но видят мужчину – корейца. Это был Джин. Он их привел в лагерь, где живут выжившие с рейса 815.
В бункере находятся Чарли и Десмонд, нажимают кнопку, разговаривают о тягостной жизни, но не проходит и получаса, как мужчина начинает видеть странные видения, после который Пейс решает побыстрее отправится на пляж, чтобы предупредить Шеннон об опасности, которая ее ожидает.
Но в джунглях на Шен уже кто-то напал. Она не без помощи Никки приходит на пляж. Там девушка все рассказывает Саиду. В это время Кайл знакомится с Херли. Толстячок дарит новому знакомому палатку, которая раньше принадлежала Буну, который живет уже с Шеннон.
Вдруг на пляже оказалась Рикки. Она рассказывает что Кейт, Анну-Люсию и Джека схватили “Другие”, а ее отпустили для того чтобы она передала всем выжившим – не надо пытаться спасти своих друзей и нельзя переходить черту в джунглях, иначе начнется война.
Тем временем на станции «Гидра» держат пленников. Кейт и Анну в клетках, а Джека в аквариуме. Девушки сближаются с неким Лэнсом, который представляется тоже невинным человеком, он и помогает им сбежать. А Джек остается «под опекой» Лайнуса, который предложил доктору выгодную сделку.
Кайл решает помочь Шеннон найти того, кто напал на нее, но девушка не очень-то и хочет принимать помощь от подозрительного незнакомца. Саид предлагает ей пойти на то место где на нее напали, девушка соглашается и они идут в джунгли. Рикки знакомится с Мишель.
Тем временем Саид и Шеннон решают идти по следу. Какое же было их удивление, когда они увидели, что следы заканчиваются у палатки Сойера, но мужчина отрицает свое отношение к нападению на Шеннон. Так же прибегает Чарли, который уверен, что блондинке все еще грозит опасность и уводит ее с братом (Бун спал в палатке, но на крики выбежал из нее и только что узнал о нападении) в бункер.

В лагерь приходит Алекс Руссо. Алекс сидела в засаде, чтобы никто из выживших не увидел ее, но тут мимо нее прошла девушка, которую Бен отпустил на пляж с пристани – Рикки. Они разговаривают, несмотря на опасность.
Совершенно неожиданно для всех в лагерь приходят Кейт, Анна-Люсия и Лэнс. Остин рассказывает, что им удалось сбежать, но Джек остался у “других”. Саид пообещал, что они обязательно пойдут за Джеком. Анна знакомит араба с Лэнсом. Лэнс - парень, который сбежал вместе с девушками, однако, он не выживший с самолета.
Поздним вечером выжившие услышали странное гудение в небе. После чего что-то в белой оболочке падает в джунгли, в самую лесную глушь. Кэтти, Клер, Мишель и Локк решают пойти туда, чтобы узнать, что упало в джунгли. Уже к утру, девушки возвращаются на пляж вместе с едой. Локк же на пляж не пришел. Придя на пляж Кэтти, Клер и Мишель, решают составить список, чтобы раздать еду. Вскоре они справились с этим заданием.
В джунглях, там, где устроились Алекс и Рикки, забредает Лили. Услышав шепоты, девушка не справляется с галлюцинациями и стреляет в пустоту, но… попадает в Рикки.
Лэнс предлагает пойти к радиовышке. Но не все хотят идти туда, поэтому люди решают разделиться. Причем Сойер идет за парнем, а Кейт, Анна и Саид отправляются на лодке спасать Джека.

Тем временем из лагеря «Других» Джек уходит, так как ему позволили уже делать то, что от него требовалось. Ровным счетом отделались от доктора, который помог Бенджамину. Джульетт разговаривает с маленькой девочкой – Энни. Энни говорит, что она очень скучает по своему брату Заку, на что Джульетт пообещала, что они скоро увидятся. Алекс приходит в лагерь, она считает себя виноватой в смерти Рикки. Бенджамин просит Харпер, чтобы она поговорила с его дочерью и объяснила ей, что вины его дочери ни в чем нет. Харпер соглашается и проводит беседу.
Саид, Кейт и Анна терпят неудачу в спасении Джека на пляже станции «Гидра», потому что их ловят «Другие», заставляют сложить оружие и отправляться к себе, иначе всем будет очень плохо. В итоге, троице не остается выхода – они уплывают.

Совсем неожиданно в лагере появляется сам Джек. Он решает идти за теми людьми, которые решили спасти его, но сначала зайти на станцию «Лебедь». Вместе с ним идет Элис Брэдшоу. Вскоре Джек и Кейт по воле судьбы встречаются на пляже, в лагере, узнают, что Сойера нет. Все подозрения сразу же падают на Лэнса, который тоже отсутствует. Группа из Саида, Джека, Локка и Кейт отправляется в лесную глушь.

Лили шокирована тем, что убила Рикки, возвращается на пляж и просит о помощи Анну. Так, Кортес помогает донести бездыханное тело Тейлор на пляж. Выжившие решают похоронить Рикки, а Рендом убегает в лесную чащу. И там она не может остаться наедине с собой, потому что видит, как волокут несчастно Джеймса. Девушке удается пристрелить одного из «Других» и опять же убегает.

В этот же день Бенджамин и Джульетт решают пойти в лагерь выживших и возвращаются они не одни. С ними пришел Джон Локк, который обменял себя на Сойера. Так получилось, что в джунглях Саид, Джек, Кейт и Локк встречают главарей. Все условия, как всегда ставит Бенджамин Лайнус, сказав, что выжившие постоянно нарушают договор. В итоге происходит обмен.
Кейт, заметившая, с каким интересом на нее смотрит Джулиет, решает пока не возвращаться в лагерь, а следует в чащу за Бьерк. Там происходит серьезный разговор, где Джулия пытается переманить Кейт на сторону «Других», но в итоге Остин стреляет в женщину и скрывается на тропе на пляж. Джулиет же идет в дом к Бену, он помогает ей и они, наконец, разбираются в своих чувствах друг к другу.

Возвратившись на пляж, Кейт отправляется к Сойеру, чтобы забыться. Тем временем проходят похороны Рикки, на которых некоторые произнесли прощальную речь. Девушки – Мишель и Кэтти раздают еду, а Клер обнаруживает, что у малыша сыпь. Ей нужен Джек, но тот куда-то исчез. Тогда на помощь приходит Кейт, которая практически отошла от шока. Джеймс же быстро отправляется в бункер, а девушки (Мишель, Клер и Кейт) решают, что Джек скорее на станции «Лебедь».

И самое главное, что Лэнс, Саид, Анна, Джейсон и Лили решают отправиться за Локком, так как понимают, что мужчину нельзя так просто оставлять. Энди и Элис, узнав все это, тоже думают прогуляться, но их заводит совсем в другую степь. Они обнаруживают станцию «Жемчужина».

А вот лидер «Других» узнает, что станция «Буря» нуждается в починке, от этого зависит жизнь людей живущих на острове. Тогда Бен отправляется вновь в лагерь выживших, ему нужен Саид, который сможет устранить проблему. Джарра, Кортес, Морган и Рендом уже на пути к лагерю «Других», но тут же сталкиваются с Лайнусом, который ставит условия: Саид идет с ними, а он отпускает Элис и Энди со станции «Жемчужина» (Бен их там запер). Приходится соглашаться на эти условия, а еще убивают Лэнса, который оказался шпионом.

В бункере все очень жарко, так как Сойер рассказывает Кейт о том, что хочет напасть на «Других», но девушка отказывает парню. Тогда на станцию приходят разочарованная Анна, Лили и Джейсон. Тогда Джеймс начинает с ними говорить о своем плане, и они соглашаются, Кейт же гнет свою линию, но тут приходит Джек вместе с Этаном и все меняется. Шеппард частично соглашается с Сойером, но потом сообщает Остин, что хочет для начала просто поговорить с Лайнусом.

На станции «Буря» Саид терпит неудачу, его хотят убить, но он сбегает вместе с Биллом Моссманом.

И все-таки Джеймс и Джек сошлись в решении идти на войну. Лагерь поделился на две группы. Нападение и защита. Те, кто будут защищаться от "Других" скроются в пещерах, нападающие же решили воспользоваться эффектом неожиданности.
Но, к сожалению, от Бена ничего не скроешь, он, как обычно, продумал все на неделю вперед. Застрелив Джона и оставив его истекать кровью в яме с трупами Дхармы, он вместе с Джулиет отправляется в лагерь, где уже никого не было. Часть "Других" уходит в Храм, а другую часть составили бойцы с винтовками, после очередного приказа Лайнуса они ушли куда-то в джунгли. Сам же лидер вместе с Джулиет  направились в джунгли, но уже по своему пути.

Билл находит Элис и Энди, но радость спасения прервал появившийся черный дым, который убил Энди Блэк. Моссман взял на себя ответственность за её гибель и, взяв тело на руки, пошел за Брэдшоу к лагерю выживших.

В это время Кейт с Этаном и Джейсоном отправились в лагерь искать добровольцев в армию. Там они встретили Саида, который спасся с "Бури". Вместе с ним, Кейт направилась обратно в бункер, оставив Джейсона и Этана на пляже для поисков людей, которые захотят присоединиться к их плану. Этан обнаружил еще одну прибывшую Дэстини, еще одна из хвостовой части, выживавшая самостоятельно в джунглях все эти дни, на неё напал медведь и разодрал всю руку, медицинскую помощь она решила искать здесь. Джейсон же занялся другим, он стал разбираться с Биллом. Вместе с ним они стали выкапывать могилу для Энди, попутно он задавал вопросы очередному прибывшему.

Вернувшись в бункер, Саид высказал свое мнение по поводу войны Джеку, Кейт решила отвлечь Джеймса от всех этих разборок и затеяла с ним задушевный разговор. Парень высказал изменения в его планах относительно войны. Он решил пойти к "Другим" и взять в плен Бенджамина, чтобы потом выкупить его за спасение с острова. Ранее Джек также высказал подобный план Кейт, но он хочет лишь поговорить с Лайнусом насчет этого, не принимая исключительных мер. Форд высказал предложение сменить месторасположение оружия, а потом отказался от этой мысли. Но Шеппард все же решил частично прислушаться и, сменив код на двери к оружию, решил рассказать его Анне и Мишель.

Лили гуляет туда-сюда и становится свидетелем многих происшествий. В бункере она сообщает Джеку, что на пляже в нем нуждается одна девушка по имени Дэстени. Доктор отправляется на побережье, там проводит сначала не очень приятную беседу с незнакомкой, но в итоге все налаживается.

В это же время Элис скорбит по Энди, а Арлен приходит ее развеселить, но ничего не получается. Вдруг Лили становится очень плохо, она рассказывает про то, что у нее проблемы с сердцем и началось обострение. Шеппард тут же пытается лечить ее, находит фотографию жертвы Рендом (на Большой Земле она работала киллером) и на ней изображен Джейсон. Мужчина решает сказать об этом парню, но не лезть не в свое дело, потом он приставляет к Лили Элис (для того, чтобы она следила за ней), а Арлен зовет с собой идти в бункер, где понадобятся лекарства. Так же вместе с ними идет Дэс.

Сара и Мишель делают табличку для Энди, а Джейсон шокирован тем, что является жертвой Лили. А вот Саид и Билл общаются в сторонке.

На станции «Лебедь» все спокойно. Кейт злится на Сойера и как только в бункере появляется Джек, то отправляется к нему. Шеппард встречает Анну и предлагает ей с Арлен отправиться на «Черную Скалу», за динамитом, чтобы защититься тем, кто будет в лагере на момент войны.

Билл спокойно поговорил с Саидом и попросил, чтобы его приняли к выжившим, он сказал, что будет делать все по хозяйству лишь бы его не прогнали из их лагеря. В связи с последними новостями о войне это очень заинтересовало Джарру, но он сказал, что стоит спросить мнения у других.

Из лагеря незаметно похитили Элис люди Бена (Фрэнк и Стив), которых он послал на самом деле за Дэстини Брук. Парни беседуют с ней в зарослях, пытаясь выяснить, ту ли они похитили.

Анна, Арлен и Джейсон (который вернулся в бункер) отправляются за динамитом, как и следовало действовать по их плану. В лесной глуши они встречают Либби, который тоже хочет им помочь.

Джек, Кейт и Сойер вышли из бункера на встречу с Лайнусом. Встретившись на тропе в лагерю "Других", Бен предложил Джеку покинуть остров на подводной лодке с условием, что поедет он один. Джек согласился, он выдвигает свои условия: если его не доставят на бОльшую землю и он оттуда не позвонит и не расскажет историю, которую в первый день рассказывал Кейт, когда она ее зашивала, то Бен будет мертв. Джек перед тем, как двинуться с Джулиет до лагеря, он сообщает код от оружейной Кейт и целует её. Этот поступок выводит из себя Форда, и он наставляет пистолет на Джулиет, сказав Лайнусу, что им нужна гарантия спасения Шеппарда и предлагает взять Лайнуса с собой в заложники. Бен без колебаний соглашается, чем вызывает подозрения у путников. Джеймс и Кейт с Беном возвращаются к "Лебедю", а Джек с Джулиет идут к подлодке.

Стив и Фрэнк заставляют Элис на пляж привести им Дэстени. Брук соглашается (не хочет, чтобы кто-то из-за нее пострадал), но с ними идет и Лили, которая хочет разобраться со всем, что происходит.

На пляже Чарли, Мишель, Сара и Джесс хотят отправиться в бункер за оружием для защиты, но их план рушится из-за многих обстоятельств. На диком пляже они встречают Диану Томас и Буна. У всех появляется подозрение, кто эта странная девушка. Решив, что лучше всего разобраться во всем в лагере, они все идут обратно. Но тут загадочно исчезает Диана, а за ней и Бун. Мишель, Саре и Джесс слышат какие-то странные шепоты. Чарли предлагает разделиться. Он с Сарой идет на пляж, а Мишель с Джесс в бункер.

Но тут и происходит самое страшное - "Другие" начинают атаковать всех выживших по острову. Основная атака пришлась на лагерь выживших, распугав всех людей. Атаке также подверглась группа, которая пошла за динамитом у Черной скалы. Миша и Джесс едва успели убежать в бункер, Сара ранена в ногу, Клер (она была с Сун в лесной глуши и искали Джина) ранена в плечо, Тери убита, а все остальные не могли скрыть паники. В итоге Клер с Аароном на руках убегает на станцию "Лебедь", а остальные отправляются в пещеры, как и было задумано.

Тем временем Кейт и Сойер приводят в бункер Бена. Лайнуса избил Джеймс, но его остановила речь лидера, в которой он предложил ему и Кейт перейти к "Другим". Сойер говорит об этом с Кейт, но та даже слушать ничего не хочет. Тут же приходят Мишель и Джесс, за ними Клер.

На "Черной Скале" очень сильно ранили Арлен, Анна думает, что в легкие, поэтому взяв динамит, они отправляются в бункер.

В бункере Форд уговаривает Кейт присоединиться к "Другим" в качестве части хитрого плана. После этого он идет перепрятывать оставшееся оружие в свой тайник. Кейт же помогает тем, кто пришел раненный. Потом приходит Сойер, рассказывает всем о том, что надо как можно быстрее покинуть бункер.

Стив и Фрэнк ведут Элис и Лили на станцию "Посох".

Джек находится в плену, в пустующем лагере "Других". Фрэнк приводит Дэстени. Джулиет распоряжается вести тех, кто остался на станцию "Жемчужина". Там же Джек говорит о том, что хочет позвонить Кейт и рассказать историю, которую и должен. Совсем неожиданно приходит Ричард, Джулиет с Дэстени спускаются вниз, вглубь станции. Джек звонит по рации Кейт, та просит помощи насчет Арлен. мужчина ей все говорит, а Либби (только она имеет хотя бы какое-то медицинское образование) помогает практически мертвой девушке. Шеппард рассказывает Кейт историю, но делает ошибку. Девушка тут же понимает, что все пошло не так и говорит, что Бен мертв. Джеймс выговаривает Кейт, что она ужасно сглупила, а тем временем из бункера практически все уходят в пещеры.

В пещерах все более менее приходят в себя и пытаются выжить.

Бен, Кейт и Джеймс выходят из бункера и отправляются на станцию "Жемчужина", где Джулиет провела беседу с Дэстени, а потом заперла ее в комнате. Харпер приводит Джека, Ричард уходит куда-то в джунгли. Стэнхоуп рассказывает Бьерк, что Бен мертв. Джулия в шоке и не верит словам, считает, что Остин просто соврала.

На станции "Посох" Стив и Фрэнк запирают Лили в комнате, потому что она хотела сбежать. Элис же выпивает с "врагами" за компанию, а те уже пытаются ее "развести" насчет того, что хотят жить в лагере выживших.

На корабле "Кахана" Наоми и Лапидус собираются лететь на остров.

На пляже происходит крушение самолета Александра Бэрроуза, мужчина достигает пещер, но там его встречают недоброжелательные островитяне. Анна, Джейсон, Саид первые пытаются узнать, кто он такой (и считают, что он один из "других" ). Алекс рассказывают всю правду, но ему не верят. Затем он говорит, что тоже видел по телевизору, что все пассажиры самолета "Ошеаник 815" мертвы. Билл подтверждает эту информацию. Сун и Клер активизируются, голосуя верить ли Алексу или нет.

Тем временем Джека бросают к Дэстени, там они разговаривают. Приходят Кейт, Сойер и Бен. Лайнус и Джулиет встречаются после долгой и болезненной разлуки. И Бенджамин начинает давить на Кейт насчет того, кто ей больше дорог - Джек или Сойер.

В пещерах Анна вырубает Алекса. Тем самым лагерь выживших делится на две группы. Одна группа, которая верит парню и хочет ему помочь, а вторая видит в нем врага.
На станцию "Лебедь" приходит Ричард, чтобы поговорить с Джоном Локком,  а тем временем на станции "Жемчужина" Джеймс жаждет поговорить с ошарашенным Джеком (он узнал, что Бен жив), а Лайнус хочет узнать все у Дэстени.

Форд с Шеппардом затевают драку из-за Кейт, которая в свою очередь разговаривает с Джулиет. Бен же предлагает Дэстени работать на него, стать одной из "Других". Пока девушка ничего не говорит.
В пещерах Бун и Сун поддерживают Алекса и отправляются с ним на пляж, чтобы проверить его упавший самолет. Джейсон отговаривает их, но безуспешно. Сам же отправляется на легкую прогулку с Сарой, а тем временем Джессика и Мишель следят за компанией Барроуза. Только Винсент выдает "шпионов" и компания (Сун, Алекс и Бун) встречают девушек. Они все отправляются назад в пещеры, чтобы рассказать всё Анне и Саиду.

А тем временем возвращается Лили, которая рассказывает, что убила одного из "других", а точнее Стива. Тем временем Элис с Фрэнком хоронят Свенсона, разговаривают. Эмерсон в замешательстве, что делать с Брэдшоу. Он и сам не заметил, что сильно привязался к девушке.

Карл убегает из храма и отправляется в лагерь, к Алекс, которую оставили одну.

На станции "Жемчужина" Бен отправляет Дэстени с Джеком обратно в лагерь, а Кейт с Сойером как-будто бы оставляет, но на самом деле это очередной обман. Мужчина говорит о том, чтобы они возвращались на пляж, так как совсем скоро придут некие "враги", которые будут долго лгать.

На корабле "Кахана" полет на остров вновь откладывается из-за поломки вертолета.

Вернувшись в пещеры, проходит общее собрание насчет того, что делать. Билл предлагает отправить Алекса в бункер, так как именно там он может найти ответ насчет неких цифр. Локк же с Ричардом, которые еще недавно были на станции "Лебедь" отправляются в загадочный поход.

Наконец, вернувшиеся Кейт и Сойер ведут всех из пещер на пляж, куда уже добрались Джек с Дэстени. Все стараются вновь начать жить без страха, но всё так и напоминает о том, что спокойная жизнь невозможна.
Билл и Алекс отстают от группы и отправляются в бункер, где встречают Десмонда. Они решают перестать нажимать код, потому что считают, что именно это мешает покинуть остров. Хьюм пытается их отговорить.

Бен и Джулиет со станции "Жемчужина" отправляются по тропе в джунгли, где встречают Фрэнка Эмерсона. Лайнус поручает ему "убрать" Лили Рендом, так как она очень опасна для всех. Тут неожиданно из джунглей возникают Ричард и Локк. Бен рассказывает о том, что Джон должен стать лидером "Других", а так же повествует о неких людях, которые скоро прилетят на остров.

Джек, Анна, Саид и Чарли идут в поход за Алексом и Биллом. Свой поход они хотят начать с бункера, так как считают, что это одно из немногих мест, куда "шпионы" могут отправиться.

В пещеры приходят Дэстени и Элис, чтобы набрать воды, но там встречают Фрэнка, у которого есть дело к девушке, а точнее к Брэдшоу.

В бункере таймер отсчитывает последние секунды, а никто не торопится нажимать кнопку. Билл сломал компьютер. И единственное, что удается Хьюму - это всхлопнуть бункер.

Белое сияние затмило весь остров. Небо стало фиолетовым. Пронзительный острый звук резал слух. И только через секунд двадцать все прекратилось.

Тем временем на корабле "Кахана" заработали все датчики, и вертолет с Наоми, Дэном, Шарлоттой, Майлзом и, конечно, Лапидусом отправился на остров.

Пляжники, собравшиеся в лагере, обсуждают фиолетовое небо, но через некоторое время видят летящий вертолет. Кейт, Сойер и Дайан идут в джунгли, чтобы встретит группу Джека и решить, что им всем делать.

Наоми неудачно приземляется на ветки деревьев, но ее находят Либби, Джин и Сун. Затем к ним присоединяются Билл, Клер и Херли.
Шарлотта и Дэниел оказываются на темной территории и пытаются понять, что им теперь делать.
Майлз сталкивается с Джейсоном, который бежит от черного дыма и уже успел потерять Сару.
Фрэнк Лапидус спокойно сажает вертушку в лесной глуши и следит за тем, кто из "спасателей" где находится.

Около того, что осталось от бункера, образуется две группы. Кейт, Джек и Чарли отправляются на поиски вертолета, а Сойер, Саид, Анна и Дайан на поиски пропавших Десмонда и Алекса (из-за которых и произошло уничтожение бункера).

Бенджамин с Джулиет связываются с Михаилом и понимают, что скоро и наступит начало конца.

tbc.